JEE Advanced परीक्षा में अधिकतम कुल 360 अंक निर्धारित होते हैं, जिन्हें दो अलग-अलग पेपर, पेपर 1 और पेपर 2 में समान रूप से बांटा गया है। प्रत्येक पेपर 180 अंकों का होता है। परीक्षा में तीन प्रमुख विषय होते हैं: Mathematics, Physics और Chemistry। हर विषय के लिए कुल 120 अंक निर्धारित होते हैं, जो दोनों पेपरों में बराबर-बराबर वितरित रहते हैं, यानी प्रत्येक विषय के लिए हर पेपर में 60 अंक। किसी उम्मीदवार की रैंक तय करने के लिए यह आवश्यक है कि वह सभी विषयों में न्यूनतम योग्यता अंक प्राप्त करे, साथ ही कुल अंकों में भी न्यूनतम सीमा पूरी करे।